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La contaminación química se refiere a la amenza que representan los contaminantes químicos para la salud de los ecosistemas marinos que pueden provenir de diversas fuentes como: vertidos industriales, descargas de aguas residuales, escorrentía agrícola, uso de productos químicos en la agricultura y la pesca, entre otros.
Los contaminantes pueden incluir metales pesados, compuestos orgánicos persistentes, productos farmaceúticos, pesticidas y otros productos químicos sintéticos.

Los contaminantes emergentes son compuestos de distinto origen y naturaleza química, previamente desconocido o no reconocido como tal, cuya presencia en el medioambiente no es necesariamente nueva, pero sí la preocupación por las posibles consecuencias de la misma.
Existen diferentes tipos de contaminantes emergentes con diferentes propiedades físicas y químicas. Entre estos podemos encontrar sustancias orgánicas que pueden subdividirse en sustancias bioacumulables y tóxicas persistentes, sustancias más polares (pesticidas, productos farmacéuticos, productos químicos industriales) y contaminantes particulados (nanopartículas y microplásticos).
Los ejemplos más representativos de contaminantes emergentes son:
La mayoría de estos compuestos se eliminan en las Estaciones de Depuración de Aguas Residuales (EDAR), utilizando procesos físicos como la microfiltración o la adsorción, procesos biológicos como los biorreactores de membrana, o procesos de oxidación avanzada homogéneos y heterogéneos, entre otros.
La Comisión Europea aprueba cada dos años la Lista de Observación integrada por los contaminantes emergentes que deben analizarse en cada Estado Miembro. Los Estados Miembros deben analizar y enviar a la Comisión Europea los resultados de este control. Con esta información, la Comisión valora si los contaminantes de la Lista de Observación deben incluirse en la Lista de Sustancias Prioritarias.

Cada año, los humanos producen, recetan e ingieren más antibióticos que el año anterior. Estos medicamentos han hecho maravillas en la salud pública al salvar a millones de personas de infecciones, pero la influencia de los medicamentos persiste en el medio ambiente mucho después de haber cumplido su deber en el cuerpo humano.Se filtran al mundo exterior, donde su presencia puede estimular el desarrollo de cepas de bacterias resistentes a los antibióticos y alteran el delicado equilibrio biológico de ríos y arroyos, afectando posteriormente a los mares y oceános cuando las aguas que llevan desembocan en ellos, extendiéndose a nivel global.
Se han descubierto peces con presencia de antidepresivos, antibióticos y protectores solares que han provocado efectos secundarios en su plasma, cerebro e hígado.
El cuerpo no descompone los medicamentos, así que el exceso sale en forma de orina o desechos. En muchos países desarrollados, los desechos (y su carga de antibióticos) pasan por una planta de tratamiento de aguas residuales, pero ni siquiera las plantas más modernas limpian todos los medicamentos. En lugares sin plantas de tratamiento, los antibióticos pueden fluir de forma más directa a ríos y arroyos.
Uno de los mayores problemas para los científicos es que nadie cuenta con un panorama exacto de cuándo, dónde y cuántos antibióticos fluyen al mundo natural. Muchos países cuentan con pocos o ningún dato sobre las concentraciones de antibióticos en sus ríos.
La solución a los problemas generados por la contaminación comienza con un diagnóstico ambiental, mediante técnicas nucleares y convencionales, y la evaluación de medidas de mitigación y/o remediación que permitan proteger a los ecosistemas, lo que implica el monitoreo constante del estado del ambiente.
Un ejemplo, tenemos la Red de Investigación de Estresores Marinos-Costeros en Latinoamérica y El Caribe (REMARCO) que emplea técnicas nucleares e isotópicas para obtener información científica y ayudar a definir políticas que sirvan como eje de acción.
El resultado de las investigaciones de la red permite identificar el enriquecimiento de metales pesados y radionúclidos, la concentración de metales pesados y metaloides, compuestos orgánicos persistentes tales como hidrocarburos del petróelo y plaguicidas y nutrientes, entre otros, provenientes de fuentes naturales y la contaminación proveniente de la actividad humana. También proporciona herramientas para el seguimiento del impacto de las políticas aplicadas y la verificación de la efectividad de las mismas.
Para determinar la edad de sedimentos con el objeto de reconstruir tendencias de la contaminación a largo plazo, es decir, más de 110 años, utilizan la espectrometría de partículas alfa y de rayos gamma.
La espectrometría de fluorescencia de rayos X sirve para conocer la concentración de elementos mayoritarios y contaminantes metálicos, mientras que la espectrometría de masas se utiliza para estudiar isótopos estables de carbono y nitrógeno e identificar las fuentes de contaminación por materia orgánica.