Nació el 24 de enero de 1904 en Viena (Austria), en el seno de una familia judía acomodada. Una parte de su educación la recibió en casa, aprendiendo a tocar el piano, así como francés, neerlandés e inglés, hasta que empezó a asistir, en 1919, a una escuela secundaria donde se graduó como la mejor alumna de su clase.
Más tarde, y en contra de lo establecido para una mujer, ingresó en la Universidad de Viena para estudiar Física y Matemáticas. Tras graduarse en 1923, fue aceptada en la facultad de filosofía hasta 1928, cuando recibió el doctorado.
Durante su etapa universitaria fue miembro del grupo de investigación del Instituto del Radio, estando especializada en el contador de escintilaciones. Logró una beca de la Federación Internacional de Mujeres Universitarias, una oportunidad extraordinaria para poder estudiar en los laboratorios más prestigiosos del mundo.
En 1930, viajó a Londres, donde trabajó en cristalografía y usó rayos X para estudiar la estructura de los cristales, en “The Royal Institution” o sobre radioterapia en el Hospital Hammersmith. Posteriormente, comenzó a trabajar en el Instituto Curie en París, un lugar de culto donde tuvo lugar la transformación de la ciencia.
Trabajó codo con codo con muchas investigadoras de renombre, cómo Lise Meitner, una de las científicas que descubrió la fisión nuclear, y con la que mantuvo una gran cercanía durante toda su vida.
En 1931, ya de vuelta en Viena, empezó a trabajar como asistente científica en el Instituto para la Investigación del Radio, formando parte del grupo de investigación que estudiaba la radiactividad del agua de mar liderado por el físico sueco Hans Pettersson, hasta que en 1937 logró el permiso para dar clases.
En 1937, al ser de ascendencia judía, debe abandonar Austria y se traslada a Estados Unidos donde trabajó con Enrico Fermi. Allí, ella y su asistente, Traude Bernert, identificaron los isótopos 215, 216 y 218 del elemento número 85, el ástato (At), y lograron demostrar su existencia en la naturaleza como producto de procesos de decaimiento natural, por lo que recibe en 1947 el premio Haitinger de Química de la Academia Austriaca de Ciencias.
El ástato es el elemento químico más escaso de la Tierra, solo hay 25 gramos y su vida media es muy corta, de 7,2 horas. Aunque es altamente inestable y radiactivo, debido a su escasez, no presenta riesgos. Es un elemento clave para la medicina, ya que uno de sus isótopos, el ástato-211, se utiliza en radioterapia para eliminar células cancerígenas.
Fue uno de los elementos que costó más identificar. Cuando el químico ruso Mendeléyev publicó su tabla periódica en 1869, dejó algunos espacios indicando la ausencia de elementos químicos que quedaban por identificar. Por ello, durante los años treinta y cuarenta del siglo XX, muchos investigadores trabajaron para encontrarlo, pero quienes más se acercaron fueron los investigadores Corson, Ross Mackenzie y Segre, de la Universidad de California en Berkeley, cuando en 1940, sintetizaron por primera vez el ástato y lograron producir de forma artificial el isótopo 211 al bombardear bismuto 209 con partículas alfa. El nuevo elemento pasó a ocupar su lugar en la tabla periódica con el nombre que se conoce hoy en día: el ástato, que en griego significa “inestable”.
Sin embargo, hubo una científica que paralelamente hizo sus indagaciones en este terreno, pero no tuvo el reconocimiento esperado: Berta Karlik. Ella y su asistente Traude Bernert identificaron los isótopos 215, 216 y 218 del ástato, y afirmaron que este elemento se daba de forma natural (pero por muy poco tiempo durante la descomposición del radio, del torio y del actinio), esto es, descubrieron que es un producto de procesos de decaimiento natural.
Tras la II Guerra Mundial, vuelve a Austria en 1945 como directora provisional del Instituto del Radio, cargo que se le otorgará, en 1947, de manera oficial. En 1950 es nombrada profesora de la Universidad de Viena y en 1956 se convierte en la primera mujer catedrática de dicha universidad. En 1953 es nombrada miembro de la Academia de Ciencia de Suecia, y veinte años más tarde de la de Austria.
Se retira en 1973, aunque continuó trabajando en el Instituto hasta su muerte el 4 de febrero de 1990 en Viena.