Estudió Física en la Universidad McGill de Montreal, logrando varios premios y becas que le permitieron seguir estudiando y se graduó, en 1898, como la primera de su clase en filosofía natural y matemáticas.
Fue la primera estudiante de postgrado de Ernest Rutherford quien dirigió su trabajo sobre “Amortiguación de las oscilaciones en la descarga de un frasco de Leyden” y la primera mujer en la Universidad McGill que recibió un título de máster, en 1901.
Después de obtener el título, y bajo la dirección de Rutherford, realizó una serie de experimentos para determinar la naturaleza de las emisiones radiactivas del torio, que sirvieron de base para el desarrollo de la ciencia nuclear. Fue una de las primeras en determinar la masa atómica del radón, que había sido descubierto en 1900 por Friedrich Ernst Dorn.
Harriet Brooks, Robert Bowie Owens y Ernest Rutherford, habían observado variaciones al tratar de medir la radiación del óxido de torio. Rutherford se dio cuenta de que los compuestos de torio emiten continuamente un gas radiactivo que conserva los poderes radiactivos durante varios minutos. A este gas le llamó primero emanación (del latín "Emanare"), y después emanación de torio (Th Em).
Brooks se centró en el caso del torio (un metal radiactivo sólido), analizando las emanaciones de este elemento. En aquel momento existían distintas teorías que postulaban que este material era un gas, un vapor o un polvo muy fino. Brooks demostró que se trataba de un gas con un peso molecular significativamente más bajo que el del torio, de forma que no podía ser simplemente una forma gaseosa del mismo elemento. Su descubrimiento llevó a Rutherford y otros científicos a la conclusión de que con la radiactividad, un elemento se había convertido en otro. Fue la primera en caracterizar el gas que hoy llamamos radón.
En 1906, Brooks trabajó en el Instituto Curie en Paris bajo la supervisión de Marie Curie sobre el período de semidesintegración del plomo.
En 1907, Ernest Rutherford se trasladó a la Universidad Victoria en Manchester donde la ofreció un puesto en su laboratorio, que ella declinó porque estaba prometida con Frank Pitcher, su instructor de laboratorio antes de graduarse y decidió no compaginar su vida de casada con su tarea científica.
Se casaron en Inglaterra y volvieron a Montreal, donde ella se dedicó a las labores de esposa y madre de sus dos hijos y una hija, aunque nunca se desligó totalmente de la universidad. Fue secretaria honorífica y presidenta del Club de Mujeres de la Universidad de Montreal, y en 1910 presentó el trabajo de Marie Curie y sus colegas a la Sociedad de Alumnos de la Universidad McGill.
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